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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
23/08/2012 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MAÍRA R. RODRIGUES, UFMG; GISELE O. L. RODRIGUES, UFMG; HERON O. HILÁRIO, UFMG; RAONI A. SOUZA, Fundação Ezequiel Dias, MG; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; GLAURA C. FRANCO, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG; GLÓRIA R. FRANCO, UFMG. |
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Título: |
KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012. |
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DOI: |
10.1093/nar/gks490 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Ferramenta web; Genomas. |
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Thesagro: |
Atividade Enzimática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02413naa a2200313 a 4500
001 1932006
005 2020-01-08
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245 $aKOMODO$ba web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa.$h[electronic resource]
260 $c2012
520 $aThe enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org.
650 $aBioinformatics
650 $aGenome
650 $aAtividade Enzimática
653 $aBioinformática
653 $aFerramenta web
653 $aGenomas
700 1 $aRODRIGUES, M. R.
700 1 $aRODRIGUES, G. O. L.
700 1 $aHILÁRIO, H. O.
700 1 $aSOUZA, R. A.
700 1 $aTAUCH, A.
700 1 $aMIYOSHI, A.
700 1 $aFRANCO, G. C.
700 1 $aAZEVEDO, V.
700 1 $aFRANCO, G. R.
773 $tNucleic Acids Research, Oxford$gv. 40, p. W491-W497, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 22 | |
| 1. |  | VESCHI, J. L. A.; ZAFALON, L. F.; BORGES, F. C.; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; GOUVEIA, A. M. G. Avaliation of antibody anti-Corynebacterium pseudotuberculosis in goats milking of Sisal area in state of Bahia. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., Brasília, 2012. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p. 105-106.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 2. | | VESCHI, J. L. A.; ZAFALON, L. F.; BORGES, F. C.; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; GOUVEIA, A. M. G. Avaliation of antibody anti-Corynebacterium pseudotuberculosis in goats milking of Sisal area in state of Bahia. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., Brasília, 2012. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p. 105-106.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 4. | | VESCHI, J. L. A.; ZAFALON, L. F.; BORGES, F. C.; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; GOUVEIA, A. M. G. Presence of antibody anti-Corynebacterium pseudotuberculosis in sheep in Dormentes state fo Pernambuco, Brazil. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., Brasília, 2012. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p. 107-108| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | VESCHI, J. L. A.; ZAFALON, L. F.; BORGES, F. C.; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; GOUVEIA, A. M. G. Presence of antibody anti-Corynebacterium pseudotuberculosis in sheep in Dormentes state fo Pernambuco, Brazil. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., Brasília, 2012. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p. 107-108| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | GUIMARAES, A. S.; DORNELES, E. M. S.; ANDRADE, G. I.; LAGE, A. P.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GOUVEIA, A. M. G.; HEINEMANN, M. B. Molecular characterization of Corynebacterium pseudotuberculosis isolates using ERIC-PCR. Veterinary Microbiology, v. 153, n. 3/4, p. 299-306, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | GUIMARAES, A. S.; CARMO, F. B.; HEINEMANN, M. B.; PORTELA, R. W. D.; MEYER, R.; LAGE, A. P.; SEYFFERT, N.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GOUVEIA, A. M. G. High sero-prevalence of caseous lymphadenitis identified in slaughterhouse samples as a consequence of deficiencies in sheep farm management in the state of Minas Gerais, Brazil. BMC Veterinary Research, v. 7, article 68, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | GOUVEIA, A. M. G.; SILVA, M. X.; MAIA, J. M. S.; BRANDAO, H. de M.; SEYFFERT, N.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GUIMARAES, A. S. Technological level and epidemiological aspects of sheep husbandry in Minas Gerais, southeastern Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira, v. 34, n. 9, p. 865-868, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | MIYOSHI, A.; ROSINHA, G. M. S.; CAMARGO I. L. B. C.; TRANT, C. M. C.; CARDOSO, F. C.; AZEVEDO, V.; OLIVEIRA, S. C. The role of the vacB gene in the pathogenesis of Brucella abortus. Microbes and infections, v. 9, n. 3, p. 375-381, Mar. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | CARMO, F. B. DO; GUIMARAES, A. S.; PAULETTI, R. B.; LAGE, A. P.; GONÇALVES, V. S. P.; MEYER, R.; PORTELA, R. W. B.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GOUVEIA, A. M. G.; HEINEMANN, M. B. Prevalência de anticorpos contra a linfadenite caseosa em criações comerciais de ovinos no Distrito Federal, Brasil. Arquivos do Instituto Biológico, v. 79, n. 2, p. 293-298, 2012.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | MARTINS, R. de J.; VESCHI, J. L. A.; CARMO, F. B.; AZEVEDO, V.; SEYFFERT, N; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; PEIXOTO, R. M.; COSTA, M. M. da; ZAFALON, L. F.; GOUVEIA, A. M. G. Avaliação da presença de anticorpos anti-Corynebacterium pseudotuberculosis em caprinos leiteiros do Território do Sisal, BA. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 5., 2010, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2010. p. 25-31. (Embrapa Semiárido. Documentos, 228.).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | MARTINS, R. de J.; VESCHI, J. L. A.; LANDIM, A. M. de S.; CARMO, F. B. do; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; ZAFALON, L. F.; GOUVEIA, A. M. G. Avaliação da presença de anticorpos anti-Corynebacterium pseudotuberculosis em ovinos do Município de Dormentes, PE In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 6., 2011, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2011. p. 397-403. (Embrapa Semiárido. Documentos, 238).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | DORNELES, E. M. S.; ANDRADE, G. I.; SANTOS, E. L. DE S.; SANTANA, J. A.; LAGE, A. P.; GUIMARAES, A. S.; MOTA, R. A.; SANTOS, A. DE S.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. Molecular characterization of Corynebacterium pseudotuberculosis isolated from goats using ERIC-PCR. In: Encontro Nacional de Patologia Veterinária, 15., 2011, Goiânia. Resumos...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | DORNELES, E. M. S.; ANDRADE, G. I.; SANTOS, E. L. DE S.; SANTANA, J. A.; LAGE, A. P.; GUIMARAES, A. S.; MOTA, R. A.; SANTOS, A. DE S.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GOUVEIA, A. M. G.; HEINEMANN, M. B. Molecular characterization of Corynebacterium pseudotuberculosis isolated from goats using eric-PCR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 26., 2011, Foz do Iguaçu. Resumos. Foz do Iguaçu: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | DORNELES, E. M. S.; SANTANA, J. A.; ANDRADE, G. I.; SANTOS, E. L. S.; GUIMARAES, A. S.; MOTA, R. A.; SANTOS, A. S.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GOUVEIA, A. M. G.; LAGE, A. P.; HEINEMANN, M. B. Molecular characterization of Corynebacterium pseudotuberculosis isolated from goats using ERIC-PCR. Genetics and Molecular Research, v. 153, n. 3/4, p. 299-306, 2011| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | PACHECO, L. G. C.; PENA, R. R.; CASTRO, T. L. P.; DORELLA, F. A.; BAHIA, R. C.; CARMINATI, R.; FROTA, M. N. L.; OLIVEIRA, S. C.; MEYER, R.; ALVES, F. S. F.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. Multiplex PCR assay for identification of Corynebacterium pseudotuberculosis from pure cultures and for rapid detection of this pathogen in clinical samples. Journal of Medical Microbiology, v. 56, n. 4, p. 480-486, Apr. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 17. | | DORELLA, F. A.; ESTEVAM, E. M.; PACHECO, L. G. C.; GUIMARAES, C. T.; LANA, U. G. P.; GOMES, E. A.; BARSANTE, M. M.; OLIVEIRA, S. C.; MEYER, R.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. In vivo insertional mutagenesis in Corynebacterium pseudotuberculosis: an efficient means to identify DNA sequences encoding exported proteins. Applied and Environmental Microbiology, Washington, v. 72, n. 11, p. 7368-7372, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | ANTUNES, C. A.; GUIMARAES, A. S.; SILVA, W. M.; CASTRO, T. L. DE P.; RIBEIRO, D.; DORELLA, F. A.; SILVA, R. DE F.; GALA-GARCIA, A.; CARVALHO, R. D. DE O.; MORAES, P.; ROCHA, F. S.; MAGALHÃES, A.; ALMEIDA, S. S. DE; EL AOUAR FILHO, R. A.; GOUVEIA, A. M. G.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; SEYFFERT, N. Avaliação de um teste intradérmico de hipersensibilidade com antígenos secretados de Corynebacterium pseudotuberculosis para o diagnóstico subclínico da linfadenite caseosa em caprinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 26., 2011, Foz do Iguaçu. Resumos. Foz do Iguaçu: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 19. | | DORNELES, E. M. S.; SANTANA, J. A.; RIBEIRO, D.; DORELLA, F. A.; GUIMARAES, A. S.; MOAWAD, M. S.; SELIM, S. A.; GARALDI, A. L. M.; MIYOSHI, A.; RIBEIRO, M. G.; GOUVEIA, A. M. G.; AZEVEDO, V.; HEINEMANN, M. B.; LAGE, A. P. Evaluation of ERIC-PCR as Genotyping Method for Corynebacterium pseudotuberculosis Isolates. Plos One, v. 9, n. 6, e98758, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 20. | | D'AFONSECA, V.; SOARES, S. C.; ALI, A.; SANTOS, A. R.; PINTO, A. C.; MAGALHÃES, A. A. C.; FARIA, C. de J.; BARBOSA, E.; GUIMARÃES, L. C.; ESLABÃO, M.; ALMEIDA, S. S.; ABREU, V. A. C.; ZERLOTINI, A.; CARNEIRO, A. R.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; HIRATA JÚNIOR, R.; MATTOS-GUARALDI, A. L.; TROST, E.; TAUCH, A.; SILVA, A.; SCHNEIDER, M. P.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. Open Access Bioinformatics, v. 4, p. 1-13, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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